Durante l'impero di Filippo II, in questa enclave madrilena si presero alcune delle decisioni politiche più importanti del mondo.
Dichiarato oggi monumento Patrimonio dell'Umanità, Filippo II fece dell'El Escorial il proprio palazzo, installandovi una grande biblioteca e un pantheon destinato ad ospitare le spoglie dei suoi genitori, Carlo I e Isabella di Portogallo, e di familiari e successori. Il complesso architettonico è completato da una basilica e un monastero.
L'ultima pietra fu posata nel 1584 seguendo i progetti di Juan Bautista de Toledo e Juan de Herrera. L'architetto progettò anche le "Casas de Oficios" (case dei mestieri), di fronte alla facciata nord del Monastero, mentre il suo successore, Francisco de Mora, si occupò della Casa de la Compaña (casa della servitù).
La basilica ospita due grandi cenotafi: il cenotafio del fondatore, Filippo II, e quello di Carlo I, con le loro rispettive famiglie, collocati su i due lati dell'altare maggiore. Le sculture oranti in bronzo dorato, nonché quella del retablo, furono realizzate da Pompeyo Leoni.

Una visita al complesso sarebbe incompleta senza scendere al Panteón de Reyes sotterraneo in cui riposano i resti dei sovrani e delle regini madri regnanti dall'epoca di Carlo I fino ad oggi con due uniche eccezioni: le spoglie di Filippo V e di Fernando VI custodite ne La Granja de San Ildefonso e nella Salesas Reales di Madrid (Chiesa di Santa Barbara). Lo spazio è occupato da una cappella circolare sottostante il presbiterio e il luogo è ornato da marmi e bronzi.
Filippo II fu un grande ammiratore della pittura italiana della sua epoca. Per questo motivo tanto il monastero quanto le dépendence del palazzo sono ornate con opere di Zuccaro, Tibaldi, Cambiaso e Luca Giordano. I loro affreschi sono ripartiti tra la biblioteca, la sacrestia, le Sale Capitolari, il chiostro inferiore, la scala principale e la Galleria delle Battaglie. Il retablo della Sacrestia, ad opera di Claudio Coello, fu aggiunto da Carlo II. Sono presenti anche sculture di artisti italiani del XVI e del XVII secolo quali Bernini e Cellini.
La maggior parte delle opere artistiche qui ospitate sono di El Bosco, El Greco (Il martirio di San Maurizio) e Velázquez (La tunica di Giuseppe). L'impronta di Goya si scorge anche nel cosiddetto "Palazzo del XVIII secolo" negli arazzi su cartoni realizzati dall'artista aragonese.

Tra le sculture che completano l'ornamentazione de El Escorial spiccano le opere di Monegro. Sono presenti anche varie immagini in bronzo di Cristo crocifisso realizzate da importanti artisti italiani del XVI e del XVII secolo, tra cui una scultura di Bernini e, soprattutto, l'opera eseguita in marmo bianco da Cellini.
Carlo II apportò il retablo della Sacrestia, dominato dal capolavoro di Claudio Coello ("La Adoración de la Sagrada Forma") e il maestoso ciclo di affeschi eseguiti da Luca Giordano sulle volte della chiesa e della scala.
Da segnalare anche vari dipinti di El Bosco, una grande collezione di maestri veneziani del XVI secolo, vari quadri di El Greco, tra cui "Il martirio di San Maurizio", nonché "La tunica di Giuseppe" di Velázquez.
Il cosiddetto "Palazzo del XVIII secolo" è decorato da un'importante serie di arazzi su cartoni di Goya e da mobili in stile Carlo IV e Impero.

Nota anche come la "Casita de Arriba" (casetta di sopra), questa villa in stile italiano dotata di giardini a terrazze fu costruita nell'arco di due anni per Gabriele di Borbone, figlio di Carlo III, su progetti di Juan de Villanueva, già architetto della Casita del Príncipe, e venne inaugurata nel 1773. Concepita come piccolo padiglione di caccia, la costruzione presenta una decorazione bizzarra ed elegante del tutto in linea con l'uso a cui venne adibita quale scenario di concerti da camera e riunioni informali della Corte.

Anch'essa fu edificata sulla base di un progetto di Juan de Villanueva nel 1772. Realizzata in stile neoclassico, la villa fu originariamente concepita per essere destinata al Principe delle Asturie che sarebbe poi stato incoronato con il nome di Carlo IV. La struttura ricorda quella della principale pinacoteca spagnola, il Museo del Prado. Della "Casita de Abajo" (casetta di sotto) va segnalata la decorazione, particolarmente rappresentativa dell'arte cortigiana del XVIII secolo, in cui spiccano sopratutto la tappezzeria, il mobilio, i dipinti a tematica mitologica e varie lampade e orologi.
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